El cuadro azul y el rojo en proporciones equilibradas simbolizan los dos partidos tradicionales del Istmo para ese momento, el Liberal y el Conservador, superando los odios del pasado para construir una nación en paz; sosiego que es representado por el inmaculado color blanco, presente en mayor abundancia. La estrella azul refiere la pureza y la honestidad de la vida cívica de la patria, mientras que la roja simboliza la autoridad y la ley que habrán de imponer el imperio de estas virtudes.
El absoluto secretismo tras su diseño también se impuso durante la confección de los dos lienzos tricolores que debían estar listos para el ansiado momento de proclamar la independencia. Aquello estuvo a cargo de un grupo de tres damas: María Ossa de Amador, esposa del líder político y fundador de la República, su cuñada Angélica Bergamoto y la hija de esta, María Emilia Ossa. Ellas fueron tan discretas que compraron las telas necesarias en tres almacenes diferentes, para no levantar sospecha, y se fueron a coser en un lugar abandonado conocido como la casa Tangui. La valiente mujer de Guerrero reconocería públicamente el miedo que sintió cuando terminaron:
Con el rotundo triunfo de los nacionalistas aquel 3 de noviembre de 1903, la bandera más grande ondeó libremente por las principales calles de Ciudad de Panamá de la mano de Alejandro de la Guardia. La más pequeña permaneció en la casa de Manuel Amador Guerrero. Mes y medio después, el 20 de diciembre, nuestro Pabellón fue bautizado en la Plaza de Armas, lugar que hoy se conoce como Plaza Francia en el Casco Antiguo de Ciudad de Panamá, por el reverendo padre Fray Bernardino de Concepción García, capellán del Ejército.