En julio de 2016 Pérez Balladares nuevamente asume el reto de conquistar la Secretaria General del partido, al inscribir una nómina integrada por Benicio Robinson, que pretendía la reelección en la Presidencia; Carlos Pérez Herrera, que dejaba la Secretaria para buscar la Primera Vicepresidencia, y Alí Waked, quien esperaba ser el Primer Subsecretario. “Creo que el partido perdió su rumbo en algún momento, no ha definido un objetivo claro que no sea un diálogo con la sociedad“, afirmó Pérez Balladares convencido de que esa situación, sumada a la división y peleas internas, era la causa se hubieran dado dos pérdidas electorales consecutivas. “Si no logramos la unificación, luego del Congreso General, tenemos el gran riesgo de que este partido sufra un revés que seria casi fatal en su existencia”, señaló Pérez Balladares en varias oportunidades. Insistió además que “pareciera que hubiéramos caído en el vicio electorero y si queremos tener oportunidades tenemos que definir un objetivo general, por ejemplo, yo quiero ser gobierno para establecer un programa de lucha contra la pobreza y la inequidad y creo que esa debe ser la bandera que debemos tener”, señaló. Al perder frente a la propuesta de Pedro Miguel Gonzalez, durante el X Congreso Nacional Ordinario del colectivo que se desarrolló el domingo 30 de octubre de 2016, el Toro Balladares reconoció el triunfo de su contrincante y aseguró que se mantendría activo en las filas del PRD.